二期工程建筑规模约为16.76万平方米，包括健康学院、中国南方中药资源中心、医疗器械软件工程学院、图书馆、公共实验大楼、学生宿舍、饭堂、教师公寓、解剖标本中心、南校门、动物实验中心，共35个单体。截至2021年3月底，二期已全部交付使用。